No âmbito do controlo orçamental, financeiro e patrimonial:

• Realizar inspecções ou auditorias aos órgãos do Estado, suas instituições e pessoas colectivas de direito público ainda que personalizados, incluindo as autarquias locais;
• Realizar inspecções ou auditorias a empresas públicas, estatais e mistas onde o Estado detenha participação no respectivo capital social, com excepção das instituições de crédito, parabancárias e de seguros;
• Efectuar, mediante despacho do Ministro da Economia e Finanças, auditorias ou exames à escrita das empresas e entidades privadas ou cooperativas, quando sejam sujeitas de relações financeiras ou tributárias com o Estado ou quando se mostre indispensável ao controlo indirecto de quaisquer entidades objecto de intervenção da IGF;
• Proceder a inquéritos e sindicâncias superiormente determinados ou por conhecimento directo de matéria pertinente no decurso das suas actividades;
• Lavrar autos de transgressão quando, no decurso ou em resultado de inspecções, inquéritos ou sindicâncias, se detectem infracções às leis fiscais;
• Acompanhar a adopção e implementação de medidas por si propostas;
• Exercer quaisquer funções que lhe sejam ou venham a ser atribuídas por lei.

No âmbito do apoio ao Ministro da Economia  e Finanças na gestão dos fundos públicos:

• Propor medidas visando a melhoria do funcionamento das entidades objecto da sua intervenção;
• Propor a adopção de medidas mais adequadas, com vista ao aperfeiçoamento do sistema de controlo financeiro e uniformização de critérios relativos ao tratamento do erário público;
• Participar, por determinação superior, na elaboração de projectos de diplomas legais que envolvam matérias das suas atribuições.

A IGF tem ainda funções de coordenação e supervisão do subsistema de controlo interno em conformidade com a lei nº 9/2002, de 12 de Fevereiro que cria o SISTAFE.